Decallage horraire et climatique

73 000 Km

C'est le nombre de kilometres que j'ai fait en moins de 5 mois. C'est presque 2 fois la circonférence de la Terre.

Sept pays différents, 6 monnaies, 5 langues, 4 continents, 3 saisons, 2 hemispheres, 1 personne.

En considérant seulement les vols (pas les trains/voitures/electricité), je suis directement responsable pour 8,35 tonnes de CO2 relargué dans l'atmosphere. Parmis ces >8 tonnes, au moins 4 resteront dans l'atmosphere pour une durée indéterminée.

En tout cas, je suis content d'etre de retour dans l'hémisphere Sud ou l'ete Australien commence a battre son plein. Tout un contraste laissez-moi vous dire!

Un soupçon de souveraineté

En tant que citoyen canadien né en dehors du Québec, ma partisanerie politique penche modestement vers le fédéralisme. C'est vrai que le Canada est un beau gros pays et que le priver d'une aussi belle nation qu'est le Québec serait regrettable. Dans ce cas, je crois que l'ensemble vaut plus que la somme de ses parties.

Néanmoins, c'est vrai que l'histoire, la culture et les valeurs du Québec diffèrent significativement du reste de l'Amérique. Je suis égallement d'accord qu'il est difficile de protéger cet oasis patrimonial contre le désert anglophone qui l'entourre. Mon côté romantique flirte parfois avec le rêve de voir le drapeau du Québec sur un podium aux olympiques, ou bien sur un passeport. Je crois que beaucoup de québecois sont trop paresseux ou bien ont perdu cette flamme d'indépendance (ne dit-on pas que le Québec est un peuple de "BS"?). Je dois avouer que la reconnaissance et l'affirmation plutot controversée de Stephen Harper que le Québec est "une nation parmi une nation" a peut-être éteint quelques flammes. Il s'avère que d'autres nations (pas juste la France) reconnaissent la nation québecoise, comme le témoignent ces images:

Alors je dis: Pourquoi pas? Serait-il si néfaste si le Québec était déclaré démocratiquement indépendant? D'après tout, le système éducatif et de santé le sont. Cela créerait encore plus de diversité culturelle selon moi. Ô Canada, était-ce bien ta terre qui appartenait a mes aïeux?

Dominos in Berlin

As you might have seen on the news, to celebrate the 20th anniversary of the Berlin wall falling and the reunification of Germany, 1000 "dominos" were painted by various people (mostly schools I think) around europe and assembled to form a symbolic wall.

Leipzig/Berlin

Bonjour a tous! Milles excuses pour le retard que j'ai pris dans l'élaboration de mon blogue. Vous comprendrez qu'il se brasse pas mal de choses dans ma vie!

Donc, je suis rendu a Leipzig, en Allemagne (antérieurement l'Allemagne de l'est). C'est une ville reconnue pour son milieu universitaire. D'ailleurs, le seul "gratte-ciel" de la ville est fait pour ressembler a un bouqin! La ville est environ la taille de Quebec, mais 30% de la population est étudiante. Ca m'arrange bien car ici les plus vieux ne parlent qu'Allemand et Russe (pour la plupart). Les jeunes parlent presque tous anglais.

Donc je poursuis mes recherches ici, dans le "Interdisciplinar Zentrum fur Bioinformatik", ou comme les gens de la place l'appellent, "Institute for BierInformatiks". C'est un grand groupe de recherche avec plein de gens en maths, physique, biologie et informatique. Ils commencent leur journee vers 10h et finissent tard. Il va sans dire que la biere est frequente passé 17h.

J'ai passé la journée de dimanche a Berlin. Quelle merveilleuse ville! Tout est si grand et majestueux. Je compte y retourner pour visiter quelques musés, dont celui sur l'antiquité et l'Egypte.

En fin de semaine, je pars a destination de la Pologne, ou je rencontrerai un collaborateur a Poznan pour ensuite nous diriger vers Varsovie le lendemain. Je presenterai mes travaux preliminaires a 2 groupes la bas. La fin de semaine suivante, je compte visiter Prague puis finalement Vienne dans les jours/semaines qui suivent pour rencontrer d'autres collaborateurs. Si j'ai le temps, j'aimerais visiter Amsterdam ou Edinbourg avant de repartir pour l'Australie.

Far from the center...

Good Morning from Singapore!I'm the closest I've ever been to the equator, in Singapore's Changi airport (yes I will record the direction of the toilets flushing for a future post). Changi airport is one of the best rated in the world: many cheap if not free services, beautiful decorations, wide spaces, and everything is multi-cultural. I'm planning to go on a free tour of the city, but it might be a little close to my departure time...
I just slept a few hours in a tiny hotel room in the airport, for 40$ SG. Have to download some data for my presentation in Germany next week, then I'm off to Frankfurt on a 12h flight. Singapore airlines ok so far, have yet to experience the 5th star! 

After Frankfurt, its the train to Mannheim, then back to Frankfurt on a 6h couchette, one last transfer and I'm in east Germany! 

Next post from Leipzig..

Sudney

Je pars pour Sydney avec beaucoup de voyages; dimanche c'est la fete a Celine, 30 ans! WOW
D'ici la, je vais l'aider a demenager dans un nouvel immeuble. Parmi ce temps, je me prepare mentalement et physiquement pour mon sejour en Allemagne. Je visiterai Leipzig, la Rep Cheque et Varsovie professionnellement.
Je vous tiens au courrant!

Dust Storm !

GPU and parallel computing

[Désolé pour mes lecteurs francophones; vous pouvez toujours traduire ce texte par l'intermédiaire de google translate, disponible en cliquant ici ]

If you have a recent (or very expensive) computer, odds are you have a wicked graphics card. Nowadays, graphics cards are used to play state of the art computer games which require massive computational resources for processing complex 3D images, landscapes, and interractions in real time. The Graphics Processing Unit (GPU) in these new video cards are amazing hardware. In fact, recent high-end (and not so high-end) cards have streaming processors, which basically means the small processors run in parallel to execute commands. This contrasts to CPUs (Central Processing Units), which are the heart and brain of personal computers. The latter have been getting faster and faster over the years, but execute only one command at a time (except for dual-, quand-, and octo-CPUs). 

Well, as one of my previous posts mentions, some scientists are harnessing the power of these graphics cards, and not just to play the latest Call of Duty or Half-Life derivatives... Turns out the Streaming processors of these cards are excellent for parallel algorithms. For instance, some analyses run exponentially faster when built in parallel (thus many operations at one). This demands a certain independence of the calculations, but is equivalent to the (mostly) government owned super-computers (to some extent). Have a look at some of the biological sciences applications for graphics cards on NVIDIAs CUDA platform. The CUDA is a C++ extension that allows you to run certain processes on your fancy overclocked GeForce 9800! This makes high-end computational analyses available to the average user on their personal computer! AWESOME !

Mise a jour !

Apres des vacances pas tres reposantes au Canada, je suis de retour en Australie. Par contre, je repars dans pas trop long, cette fois pour le vieux continent. Etant donné la popularité de mon superviseur, un collegue allemand a accepté de co-superviser mon doctorat. Il s'agit de Peter Stadler, un chef de file en genomique informatique. Je serai donc a Leipzig en Allemagne pour deux mois, soit du 19 Octobre au 17 Décembre. J'aurai aussi la chance de participer a leur retraite de groupe, qui attire plusieurs autres scientifiques du domaine. On sera plus de 45 a passer 5 jours en republique Tcheque lors de la premiere semaine suite a mon arrivée.

Evidemment, je compte aussi visiter Prague et Berlin, au minimum!

D'ici la, c'est le gros rush. Non seulement j'aimerais présenter des résultats en Allemagne, mais j'ai égalment ma confirmation de candidature au doctorat a présenter dans un futur incertainement proche.

dolphin research video

Dolphins

Ca fait trois jours que je passe sur l'eau dans la baie de Moreton a bord d'un petit bateau de recherche en biologie marine. Nous traquons les dauphins dans la baie; il y en a environ 700 dans la grosse baie. environ trois quarts sont des "bottlenose" et l'autre quart des "humpback". C'est vraiment des animaux spectaculaires, si a l'aise dans leur environement. On en a vu un aujourd'hui a l'envers (ils traquent les poissons avec leur sonar vers la surface, ou ils se tournent a l'envers pour mieux les reperer), avec un poisson dans la bouche entrais de se secouer la tete en nageant a toute allure! Aussi, un dauphin humpback a saute pres de 3 metres (sans exagerer) dans les airs a quelques metres du bateau. Videos a venir.

Nous avons aussi vu 2 raies d'un peu plus d'un metre dans les eaux peu profondes de la baie, et une tortue "loggerhead" un peu malade. On a pris 3 echantillons d'adn aujourd'hui, malgré 7-8 tentatives ratées (c'est moins facile se concentrer quand il manque une personne a bord). 

Parmis les autres nouvelles que j'ai a vous diffuser, je serai au Quebec dans quelques jours! Je devrais partir de Sydney Lundi midi, donc mercredi a montreal. J'y serai jusqu'au 23 Aout. Apres, cje reviens en Australie pour un mois et quelque avant de partir en Allemagne 2-3 mois en collaboration. Ca fait plus de 67000 Km en 4 mois, soit ~1.5 fois le tour de la planete. Je vous donne plus de details dans le futur proche. 

L'évolution biologique de mon nom

For the heck of it, I did a BLAST query with my name. BLAST is a fast search algorithm to look up biological sequences in massive databases. The amino acid abbreviations corresponding to the letters my name have arisen throughout millions of years of evolution to find themselves in.... a protein from a bacterial pathogen of plants called Botryotinia fuckeliana (MVRTVNSMIT). Pretty cool eh? The second best (MARTINNMSSSIT) hit is a protein fragment from Coprococcus comes, another dirty sounding name.

========================

Pour le plaisir, j'ai fait une recherche de bases de données avec mon nom. Plus précisement, les abbreviations d'acides aminés (les monomeres de protéines) qui forment les lettres de mon nom. Il s'avere que quelques especes ont evolué d'une maniere a ce que les lettre de mon nom apparaissent dans leur proteines. Ok, ce n'est pas 100% exact, mais presque! La plus apparentée est Botryotinia fuckeliana (serieux!), une bacterie pathogene de plantes. Voir les resultats ci-apres:

>ref|XP_001548570.1| hypothetical protein BC1G_12965 [Botryotinia fuckeliana B05.10] gb|EDN18616.1| hypothetical protein BC1G_12965 [Botryotinia fuckeliana B05.10] Length=672 GENE ID: 5429089 BC1G_12965 | hypothetical protein [Botryotinia fuckeliana B05.10] Score = 31.2 bits (66), Expect = 13 Identities = 8/10 (80%), Positives = 9/10 (90%), Gaps = 0/10 (0%) Query 1 MARTINSMIT 10 M RT+NSMIT Sbjct 658 MVRTVNSMIT 667 >ref|ZP_03798050.1| hypothetical protein COPCOM_00304 [Coprococcus comes ATCC 27758] gb|EEG91380.1| hypothetical protein COPCOM_00304 [Coprococcus comes ATCC 27758] Length=330 Score = 29.5 bits (62), Expect = 42 Identities = 9/13 (69%), Positives = 10/13 (76%), Gaps = 3/13 (23%) Query 1 MARTINSM---IT 10 MARTIN+M IT Sbjct 241 MARTINNMSSSIT 253

GPU in mass spec analysis

Go figure... The main economical pressure for video card (Graphics Processing Unit-GPU) development is computer games on high-def monitors. Well, as it turns out, some really bright people have put the hardware in them to use for elucidating tertiary (3D) structures in computational biology. A very impressive work, have a read (read the paper here)

Another wonder of biodiversity

As you may know, there are more species living in tropical rain forests than anywhere else in the world. They make up less than 2% of the earth's surface (less than 6% of the earth's land mass).

• More than 20 percent of the world oxygen is produced in the Amazon Rainforest.
  
• More than half of the world's estimated 10 million species of plants, animals and insects live in the tropical rainforests. One-fifth of the world's fresh water is in the Amazon Basin.
  
• At least 80% of the developed world's diet originated in the tropical rainforest.
  
• A single pond in Brazil can sustain a greater variety of fish than is found in all of Europe's rivers.
  
• A 25-acre plot of rainforest in Borneo may contain more than 700 species of trees - a number equal to the total tree diversity of North America.
  
• More than 2,000 species of fish have been identified in the Amazon Basin - more species than in the entire Atlantic Ocean
  

While surfing the net, I stumbled upon this "ancient chinese remedy" called Dong Chong and some mumbo jumbo marketing video:

One of the active compounds comes from Cordyceps, a endoparasitic fungus that preys on insects. In fact, there are thousands of cordyceps species, each one "preying" on specific insect species. It is estimated that a square kilometer of rainforest harbors more than 30,000 different species of insect: imagine the whole ecosystem? Insects make up most of the macroscopic biodiversity on the planet. Parasites and predators are well established in such ecosystems to control populations, ensuring no one species is too common. Cordyceps fungi are a beautiful example, as you can see from these screenshots taken from BBC's planet Earth series. They (like many parasitic organisms) can alter the infected insect's behavior to make them climb higher or anything that might give the fungus an evolutionary advantage.

Mise a jour

Bonjour la gang,

Si ca fait quelque temps que je n'ai rien mis a jour, c'est qu'il ne se passe pas grand chose! On est au creux de l'hiver, et je commence a trouver ca long. Disons que c'est beaucoup plus long quand il fait 8 degres dans la maison. Le doctorat se met en branle: la je me concentre sur l'elaboration de ma methodologie en vue des resultats que je veux obtenir.

Sinon, tout va bon train. Je devrais retourner au Quebec en Aout pour une petite visite, qui risque d'etre la derniere avant une douzaine de mois. Je trouve ca un peu platte de visiter le Canada pendant mes vacances lorsqu'il y a tant de recoins a explorer en Océanie. Par contre, le Quebec me manque (surtout la poutine et la biere!) et ca va me faire du bien revoir le monde. 

Aujour'hui c'etait le 3e match de "State of Origin", le match des etoiles du rugby australien en quelquesorte. C'est les joueurs d'origine du Queensland qui affrontent ceux du New South Wales dans 3 matchs decisifs. Le perdant doit porter le drapeau de l'autre etat sur le plus gros pont de la ville! Les Maroons du Queensland ont perdu le dernier match, mais il est un peu sans but (mise a part l'honneur) car les gars on gagné les 2 matchs precedents, etablissant donc un record de 4 années victorieuses successives. C'est la fete a Brisbane ce soir!

Je suis chez nous avec un verre de Jacobs Creek Shiraz-Cabernet (le Jacobs Creek est une des marques les plus courantes ici, et aussi l'une des moins bonnes). Le Jacobs Creek du Quebec est meilleur!

A la prochaine

Amazing optical illusion

Rien d'extraordinaire, non ? 

Et si je vous disais que les spirales vertes et bleues sont en réalité de la meme couleur? 

hmmm....

Vous ne me croyez pas? 

Je vous défie de les analyser avec Photoshop ou un logiciel du genre. 

Regardez plus pres. Les spirales oranges et magenta ne sont pas continues! Voila le probleme! Notre cerveau coupe les coins ronds et nos yeux nous jouent des tours! Approchez votre visage a 5 cm de l'ecran, le vert et le bleu sont moins faciles a discriminer!

Magie !

50e post...

Pour ce 50e post de blogue, je vous propose quelque chose d'un peu plus philosophique. En fait. c'est par pur adon que ce soit le 50e, mais bon, ca merite au moins un petit mot de felicitations!

Il m'est arrivé ce soir, non pas pour la premiere fois, de tomber sur la page Facebook d'un ami décédé le 24 Février 2008. 

Malgré les etres humains, les pages Facebook ne s'effacent pas. 

Pour ceux qui ont souffert la perte d'une connaissance, ami, ou membre de leur famille et qui étaient sur Facebook, vous connaissez surement cette situation. Pour ceux qui n'ont pas eu cette malchance, immaginez-vous une photo "Polaroid" de la vie d'une personne prise quelques semaines ou quelques jours avant leur depart de ce monde physique. Un polaroid avec tout plein de commentaires dans le petit espace blanc en dessous. Des commentaires au présent, malgré-eux. C'est plutot morbide, tres émouvant et sans-doute dérangeant pour de jeunes etres emotifs comme moi qui ne comprenons (ou n'acceptons) pas tout a fait la mort. 

C'est par contre pas mal plus accessible qu'une pierre tombale pour se souvenir d'eux. C'est aussi un medium commun pour faire un deuil et sympatiser avec les autres. 

Est-ce que les comptes seront effacés apres un certain temps? 

Est-ce qu'on se souviendra autant de ces personnes et de leur impact sur nos vies dans le cas echéant? 

Est-ce de "l'acharnement émotif"? 

Ces personnes peuvent-elles changer le monde via les commentaires des gens sur leur page Facebook apres leur mort? 

Malgré l'absence de reponses, pourrait-on considérer Facebook comme un outil pour s'immortaliser?

Je vous invite a laisser vos commentaires (il faut peut-etre s'inscrire a Blogspot - ca ne prend qu'un compte Google et c'est tres rapide).

Mt Barney et Kangourous

All is good down under.

Je suis présentement a l'aeroport de Sydney, apres une fin de semaine tranquille avec Celine. La fin de semaine precedente, nous sommes allé a Mt. Barney, le 7e plus haut sommet du Queensland (3,800 pieds). C'etait l'une des randonnées les plus intences de ma vie! Ils recommandent 7h pour faire le somment, tout en indicant que c'est un sentier de niveau 5 (le maximum) et donc: excellente forme physique, excellent sens de l'orientation, pour randonneurs expérimentés, etc. 

On l'a monté et descendu en 6h30, et ca vallait le coup! Quelques photos (gracieuseté de Johannes) sont sur picassa. En revenant le soir, 7-8 kangourous/wallabies et un possum m'ont donné la frousse! ils dorment dans la vallée la nuit, sur le bord des sentiers dans des plaines pour les vaches. Quand ils entendent un bruit (le son de mes bottes ou de mon baton de marche) ils se levent en sursaut et bondissent quelques coups dans une direction opposée. J'ai tout de meme reussi a en voir un avec la lampe frontale! 

Ici le kangourou est une alternative saine au boeuf. C'est une viande tre faible en gras, au bon gout de gibier, richer en fer et en proteines. De plus, c'est écolo malgré qu'ils sont tous chassés dans la nature. En effet, ils ne nécessitent pas beaucoup d'eau, ils ne piétinent pas les champs et n'endommagent pas le feuillage, et n'ont pas une flore intestinale qui rejette des tonnes de methane dans l'atmosphere. Dommage que tres peu d'australiens en mangent!! C'est vraiment délicieux, surtour quand c'est mariné avec romarin, ail, et autres fines herbes et cuit a feu moyen sur un feu de bois. Excellent avec un shiraz australien: en fait, il n'y a pas de meilleur combianison!!

Un parasite de parasite

Mon dernier article est finalement accessible en version finale. 

Cliquez ici pour la version en pdf, ou bien ici pour la version furetable.

Comme je l'ai peut-etre deja mentionné, il s'agit d'une etude qui analyse la nature et l'emplacement de sequences d'ADN dans le genome d'un parasite tropical. Les sequences en question sont de nature virale et mobile; c'est a dire que ce sont des sequences d'ADN qui peuvent se copier et s'insérer ailleurs dans le genome. Le VIH opere de maniere similaire; son materiel genetiques (une fois une cellule est infectee) s'insere dans l'ADN de la cellule humaine. Par contre, pas besoin d'etre un virus complet! En fait, il existe des particules viroidales dans certaines cellules: ce sont des virus qui ne peuvent pas sortir de la cellule, mais dont une partie de la machinerie moleculaire fonctionne toujours. En realité, nous avons plusieurs regions dans nos seqences d'ADN d'humains qui sont ou étaient autrefois des virus (plutot retrovirus) actifs et qui maintenant ne le sont plus. 

Donc, ces sequences d'ADN ont autrefois causé des dommages aux parasites (ou tout autre organisme) qui les hebergaient. Ces insertions sont alleatoires et peuvent donc nuire a l'organisme. C'est un peu comme si on inserait des numeros alletoires dans votre carnet de telephone. Certains numeros ne marcheront plus. Par contre, il se peut que quelques numéros "mutés" fonctionnent (par exemple, le numéro de Fernand se transforme en numéro de plombier -- toujours pratique!).  Via la selection naturelle, certains parasites ne pourront survivre, tandis que d'autres le pourront (quand l'insertion affecte moins l'organisme). 

Maintenant, immaginez que quelques sequences d'ADN viral, comme toutes les sequence d'ADN en general, subissent une mutation alléatoire quelconque. Cette mutation pourra ou pas inactiver la sequence d'ADN virale. Si l'on y pense un peu, il y a plusieurs consequences potentielles suite a ces sequences d'ADN virales. 

• Inactivation de genes importants par la sequence d'ADN virale 
  
• Perte de la mobilité ou capacité d'insertion de l'ADN viral
• Meilleure mobilité
• l'ADN viral améliore la capacité de survie de l'organisme. 

Sur des millions d'années, la selection naturelle fera en sorte que les organismes ayant des insertions d'ADN viral bénéfiques seront plus abondantes. 

Dans notre article, on analyse des courtes (~500 bases) sequences d'ADN qui sont tres abondantes dans le genome de l'organimse. De plus, ces sequences sont apparentées a des sequences d'ADN virales connues. On demontre donc que les sequences sont similaires, et qu'en fait il existe 2 grosses familles apparentées de ce type d'insertions virales. 

Par la bioinformatique, je démontre qu'elles sont tres vielles de par la presence de beaucoup de mutations, mais qu'elles semblent préserver quelques caractéristiques. On déduit que leurs similitudes sont en fait des mutations qui ont aidé le parasite a survivre (ceci a deja ete demontré en laboratoire). 

De plus, étant donné que ces séquences d'ADN sont nombreuses (pres de 2000 copies) dans le genome de parasite (30 millions de bases d'ADN), on demontre que les insertions ont été assimilées par le parasite, qui se sert d'une partie d'entre eux pour gérer ses mechanismes biologiques de survie. Aussi, parmi les trois especes de Leishmania (le parasite) dont le genome est entierement sequencé, on a décelé des différences dans 50% des insertions d'ADN parmi les 3 especes. Ca laisse donc croire que ces insertions ont été bénéfiques a l'evolution et a la spéciation de ces 3 especes de parasites!

Bon, ca fait beaucoup a digérer, je vous conseille de regarder les figures dans l'article!! 

Désolé pour le manque d'accents. 

Australian Ice Hockey

The Funnel Web Spider

Mardi  dernier, on a eu la chance d'assister à une séance d'alimentation d'animaux de laboratoire. Rien d'extraordinaire, diriez-vous? Eh bien ce n'était pas des souris, des rats, des poissons ou des mouches à fruit, mais des araignées. Je rectifie, la famille d'araignées la plus dangereuse de la planète (selons certains): Le funnel web spider. 

Ces petites araignées (heureusement, les plus grosses ne font que 10-12 cm de long) sont possiblement les plus féroces de la planète. Leur venim est hyper toxique, et ils sont dotés de crocs qui font presque un centimètre. Malgré que la majorité des morsures ne sont pas mortelles, il y a quand même eu 13 décès attribuables aux funnel webs au courrant du dernier siècle.

Comme la vidéo le démontre, il est possible d'extraire le venim directement de l'araignée sans même la manipuler (fiou!). Leurs énormes glandes de venim excrètent dès qu'ils se sentent aggressées, et les goutelettes s'accumulent sur leurs crocs. Suffit de toucher les goutelettes avec une pipette Pasteur et l'échantillon est récupéré! Immaginez-vous qu'une araignée produit pres de 20µL de venim par "traite".

Les plus gros sont nourris avec des tranches de bébé souris congelées (voir ci-haut), et les plus petits (comme les Sydney Funnel Web Sipder) sont alimentés aux grillons. On a dèailleur eu la chance de voir une araignée se précipiter aussitot sur le pauvre grillon presque plus gros que l'araignée. C'était la seule araignée qui a bougé pour se nourir sur les 36. 

Il y avait aussi des tarentules mexicaines et des scorpions. Mais surtout des araignées Funnel Web. Sandy, qui gères ces bibittes, s'intéresse aux protéines du venim ainsi qu'à l'organisation des gènes reliés à l'excrétion du venim. Cool comme doctorat, non? Ah oui, toutes ces glorieuses bibittes sont sur le 3e étage du labo :)

Sydney Aquarium

Quelques petites et grosses bestioles de notre visite de l'aquarium de Sydney. C'etait vraiment magique! Excusez la pietre qualité video de mon téléphone. D'autres photos dans mon album Picasa.

Il a plu toute la journée, et ca va continuer toute la semaine =[

Viniculture australienne: Barossa

Six à huit fois par année, le club des employés de l'Université du Queensland organise une soirée de dégustation de vins. Généralement, il y a un thème a la soirée, que n'importe qui peut assister pour la modique somme de 19$. Ce mardi dernier, c'était les vins faits à la main de la vallée Barossa dans l'état de South Australia, à 60 Km au Nord-Est de Adelaide. Il y avait un spécialiste de cette région qui nous présentait les 19 vins (eh oui, 1$ le verre!). 

On nous a proposé quelques Rieslings australiens après qu'on nous ait averti que ceux-cis sont des cépages différents et uniques, et que ce n'est que récemment que les vrais raisins sont utilisés. Autrefois, c'était des mélanges de cépages afin de donner un goût similaire aux Rieslings allemands. Les 3 ou 4 vignobles qu'on a goûtés étaient plus secs que les allemands, avec des parfums de lime. Il semblerait que ce sont des vins jeunes qui prendront beaucoup de valeur dans quelques années (donc, à mettre au cellier pour les amateurs de ce vin doux et rafraîchissant).

Après quelques Chardonays plutot ordinaires et un Sémillon, c'était le tour des rouges. Quand on dit Barossa, c'est synonyme de shiraz. Délicieux rouges du terroir australien! Plusieurs vignes de cette région datent de plus de 160 ans, ce qui est ancien pour ce pays du Nouveau Monde. On nous apprend que les vins de cette région sont souvent dispendieux étant donné le climat variable de la région; il n'est pas rare qu'une nuit givrée gâche la cuvée et abîme les vignes pour quelque temps. 

A ce stade-ci, notre présentateur augmente la cadence de son discours afin de bien détailler tous les vins. Je dois avouer, par contre, que mes collègues et moi sommes un peu plus bavards, manquant donc quelques descriptifs et annectodes de ce dernier. Néanmoins, voiçi mon top 3 de la séance:

1 ***** Laughing Jack - Laughing Jack Shiraz, 2005, Barossa Valley 

This is a very dark, black red colour, clearly showing the youth and intensity of the fruit in this fantastic wine.  It's incredibly aromatic  already, although perhaps a touch tight still.  Its all rich and ripe fruits, plums, blackberries, with an almost cherry ripe edge to it, complexed by intriguing touches of spice, black pepper and chocolate.  This is what Barossa  Shiraz should all smell like.  The palate does not disappoint - it's deep, dark and full of rich and ripe fruit, liqueur plums, dark berries, and blackberries, witha really creamy texture to it...  it's still tight and brooding in the glass.  This wine has got great future ahead of it.  The finish is incredibly long and full of flavor, with a line of fine and tight tannin running through the wine giving it great structure. Fabulous wine, and one for the cellar, if you can leave it alone for that long!

2 - *****  Russel Wines 'Augusta' Shiraz, 2005, Barossa Valley

A full bodied Shiraz from the Augusta’s Garden vineyard on rich red soil, the colour hinting at the full and satisfying nature of the wines. COLOUR: Opaque black crimson with deep black crimson hue. AROMA: A delicious aroma of spice, violets, toasted oak and cedar. FLAVOUR: The palate is very spicy with flavours of liquorice, stewed fruit and plum emerging. Fine dry tannins. Aftertaste of plum, spice and liquorice.

3 - **** David Franz Riesling, 2007, Eden Valey

Production: Picked March 3rd 2007, Single vineyard wine. One and a half tonne to the acre Dry Grown Riesling from Mick Hearnden's sixty year old Riesling Vines. Total production 1188 bottles. Colour: Very bright light new straw with hints of pale lime green. Nose: Lifted perfume of lemon thyme jasmine and dry summer grasses with hints of juniper and aromatic dried herbs. Palate: Light and delicate with beautiful balancing acid crispness that gently grips the cheeks. Combination of very subtle grapefruit citrus melded with ripe limes and clear lemon are counterpointed 

against hints of dried herbal leaves and yeast complexity. The super light and clean palate lingers on beautifully leaving the mouth ready for the next sip.

Mentions Honorables :

**** B3 Wines, Chardonnay, 2007, Barossa Valley 

**** Soul Growers, Shiraz Cabernet, Seppeltsfield, 2006

2e article accepté!

Yéé! Mon deuxième article scientifique comme auteur principal a finalement été accepté dans la revue BMC Genomics. Du coup, c'est mon manuscrit le plus prestigieux (!) étant donné le facteur d'impact de 4.2. Le facteur d'impact d'une revue est une cotation de sa popularité (et en conséquence, de son impact au sein de la communauté scientifique). Un facteur de 2 signifie qu'en moyenne, chaque article de la revue a été cité par 2 autres études l'année suivante sa publication. Évidemment, il s'agit de journaux dédiés a un publique plus ou moins spécialiste dans le domaine, et certains ne sont qu'accessibles sur internet. Ces derniers sont généralement gratuits, ce qui contraste avec le coût exhorbitant exigé lors de la publication (£1200 et plus). 

Généralement, les articles sont scrutés à la loupe par 2 ou 3 spécialistes dans le domaine, choisis à la discrétion de l'éditeur de la revue. Dans mon cas, c'est un de ces "reviewers" qui a mis un bâton dans les roues du processus, et d'une manière plutot opiniâtre et biaisée. Néanmoins, après quelques révisions afin de satisfaire les demandes de l'éditeur, mon travail est accepté apres 11 mois de niaisage. Je ne peux me plaindre, car il s'agit des suites du deuxième chapitre de mon mémoire de Maîtrise. Pas mal efficace le gars, non?

Notre papier décrit la distribution de "parasites" d'ADN à travers le génome séquencé de trois espèces de Leishmanias (ces parasites tropicaux mortels). Eh oui, j'étudiais donc un parasite génomique d'un parasite humain! Je réfère maintenant a ce parasite génomique comme répitition génomique, puisqu'on dénombre pres de 2000 de ces séquences d'ADN chez Leishmania. On démontre que ces répétitions (des rétrotransposons) ont perdu leur nature "contagieuse" et on soulève l'impact de ces répétitions sur l'évolution des parasites unicellulaires Leishmania. C'est grâce a des analyses statistiques à grande-échelle et à la comparaison des résultats entre les trois espèces qu'on arrive a nos conclusions. Selon moi, les hypothèses qu'on soulève dans ce travail sont nombreuses et permettront à plusieurs chercheurs dans le domaine de diriger des expériences génétiques plus précises sur des processus moléculaires qui causent des pathologies chez l'humain. Aussi, il y a beaucoup de jolies images :)

L'article, intitulé "Organization of two SIDER retroposon subfamilies and their evolutionary impact on the Leishmania genome", devrait être accessible sur le site web d'ici peu, en version préliminaire (tel que soumis). En principe, il devrait aussi apparaître dans la liste en bas a droite du blogue. 

Mt Tamborine, biere et fromages !

En ce lundi, fête du travail, on est allé a Mount Tamborine. A quelques centianes de mêtres d'altitude, on se retrouve en plein coeur d'une "rainforest" tropicale. C'était la première fois que je me prommenais dans une forêt composée presque totalement par des palmiers avec l'occasionel eucalyptus géant. La belle petite chute à droite y était (eh oui c'est ma photo). 

Mais soyons honnêtes, on y allait surtout pour boire de la bière et manger du fromage! Mais non pas dans la rainforest, il y a un petit village touristique (trop touristique un our ferrié) juste à côté. En fait la région abonde de vignobles et de petites fermes laitières. MT brewery, une très belle microbrasserie, sur le bord du terme 'micro'. Ils avaient au moins 6 fermenteurs de 500 litres avec rhéostat. La bière était, selon mes standards et attentes de biérosnob, moyenne. Ils n'avaient qu'un seul bon choix, la Amber Ale ESB. Ordinaire tout de même. Leur bière signature s'appelle la "Black Cockatoo", une noire du genre belge avec un fort goût de caramel qui tire sur le scotch. 

Aussi, possiblement une des seules fromageries semi-artisanale du Queensland qui préparent leurs délices à partir de lait non-pasteurisé. Excellents fromages, très crémeux avec le bon goût frais de vrai fromage. Leur bleu triple crème était un de nos préférés. 

À revisiter, en saison moins touristique ! 

Pour grand-maman

Photos Picasa a jour

Je viens de remarquer que les permissions n'etaient pas bien definies sur quelques albums de photos. C'est corrigé!

Veuillez cliquer sur la photo en haut a droite pour les voir!

Moreton Magic

Pour la premiere fois en Australie, j'ai eu froid aujourd'hui! 18 degres. 

Ca y est, je suis acclimaté! 

J'ai passé une magnifique et merveilleuse fin de semaine de 3 jours avec Céline. Nous sommes allé a Moreton Island. Nous avons passé la fin de semaine a faire de l'apnée, car c'était simplement débile. 250 especes de poissons. On a du en voir au moins 40 differentes. C'était mieux qu'un aquarium géant! On était meme suivis par des bancs de poissons!

On a notamment touché un wobbegong de 2m, sans savoir que c'est un requin tres agile qui ne lache pas prise s'il mord (il faut couper sa tete pour defaire ses machoires!). Pufferfishs, poissons empereurs, perroquets, anges, tout (il y avait juste une mini anemone, donc pas de "Némos") 

Un zoo aviaire au coeur de Sydney!

Comment traquer un cellulaire

Salut! 

J'suis tombé sur ce site web, tres interessant! C'est un logiciel qui peut retracer l'emplacement geographique de n'importe quel telephone cellulaire. Eh oui, comme dans les films !

Ca predit avec plus ou moins de precision l'empacement grace a la triangulation. Ca requiert donc que le telephone soit allumé et qu'il soit en contact avec au moins 3 antennes. 

Allez sur ce site pour l'essayer. Vous serez surpris du resultat precis! Comme quoi personne ne peut vraiment se cacher...

 

This is amazing

Powered By Sex Toys

Get Your OwnAdult Tracker

des news !

Pictures...

photos PICASA finalement a jour !!

Cliquez sur le lien "my pictures in OZ" a droite :)

En passant, vous pouvez etre au courrant de toute mis a jour sur ce blogue avec presque tout logiciel de couriels. 

Simplement trouver les options pour abonnement au RSS et y ajouter l'addresse de ce site, qui d'ailleurs se trouve quelque part a la droite de cette page (le petit icone orange).

Aussie baptism

I killed my first two cane toads last week, Beckham-style! They're quite abundant near the uni, and they all come out at night... I wish I had my golf clubs here ;) They were not quite as big as this one though:

Went surfing again at Rainbow bay near Coolangatta this week-end, then went back with Celine the next day. Saw a few pros taking some time off the Quicksilver Pro due to bad surf on Sunday. Nicest beach I've ever seen :)

Surf addicted

Science...

Desolé pour le retard dans mes posts (et pour ne pas avoir mis mes photos Picasa a jour; il s'avère que leur logiciel de téléchargement n'est pas super compatible avec celui des macs!).

Je devrai néanmoins avoir mon nouveau macbook pro © d'ici vendredi selon celui qui mets les pilotes a jour. Grosse crosse cette histoire, mais je ne suis pas ici pour vous parler de ça. Eh non !

J'ai décidé de vous parler un peu de tout et rien par rapport à la science, plus particulièrement par rapport à celle que j'étudie. En premier, nombreux d'entre vous se demandent "Mais qu'est-ce que Martin étudie précisément?". En fait, je crois que la majorité des gens se demandent plutot "Mais qu'est-ce que Martin étudie pendant ses études de doctorat" mais cette question est, évidemment, dirigée envers un public moins consenti que mon lectorat de blogue (il faut flatter ses blogophiles n'est-ce pas, vous qui avez visité mon blogue en total 27 fois dans le dernier mois). 

Pour répondre à cette question de manière grossière, j'aimerais qualifier mon travail (car en recherche, les "études" ressemblent beaucoup plus à du travail avec des retombées moins matérielles, surtout par rapport à l'impact économique immédiat) comme du "fouillage". Une sorte de recherche abstraite parmi une forêt quasi-infinie où les seuls chemins ne parcourent qu'une infime partie de la superficie, où les arbres les plus vieux partagent leur naissance avec les origines mêmes de la vie, où l'homme ne pourra probablement jamais la défricher complètement étant donné sa complexité et les milliards d'années qui ont embrodé son feuillage. Cette forêt s'agit, comme certain d'entre-vous l'ont surement deviné, du génome. Ce génome qui est difficilement conçu par le plupart, et qui est infimement compris par les sages. Je parcours cette forêt non pas à la recherche des plus gros arbres ou des arbres rares, ni même à la recherche d'arbres en soit, mais je la parcours en tentant de mettre la main sur pourquoi cette forêt est si grande et diversifiée. 

Le génome humain est composé de 98.5% de séquences d'ADN qui n'ont pas de rôle fonctionnel connu. On partage 98% de ce même génome avec le Chimpanzé. En fait, par la définition classique de "fonctionnel" en biologie moléculaire (fonctionnel désigne presque toujours des protéines), nous partageons en fait un bon 80% du génome fonctionnel avec le simple vers, aussi grossière que cette affirmation puisse paraître. Une chance que nous n'avons pas fait ces découvertes en 1700... 

J'ai la chance de faire mon doctorat avec John Mattick, dont vous pouvez lire une très courte et modeste biographie sur le wiki de notre groupe de recherche. Prof. Mattick a été l'un des premiers à publier ses vues sur la notion que ce 98.5% du génome doit être important pour la constitution des organismes multi-cellulaires, en particulier par rapport à l'organisation et la régulation des composantes effectrices, antécédement qualifiées de "fonctionelles". Preuve à l'appui, des macro-molécules d'ARNs sont copiées non seulement du 1.5% "fonctionnel", mais de la quasi-totalité du génome. En effet, les propriétés physiques plus dynamiques de l'ARN permettent de satisfaires des contraintes centrales par rapport aux hypothèses de l'origine et l'évolution de la vie sur cette planète (et possiblement ailleurs!). 

Pour ma part, j'analyse des caractéristiques communes des molécules d'ARNs (une de leurs propriétés pratiques c'est que leur nature même est encodée sous forme de résidus "A,C,G,T" de l'ADN). Une séquence précise va générer une molécule particulière qui, par les lois de thermodynamique, prendra une forme physique caractéristique. Cette forme tridimensionelle peut grossièrement être prédite par la séquence même de sa composition linéaire (première dimension). Elle pourra interagir avec d'autre molécules dans une cellule afin d'accomplir son rôle précis dicté par les forces de la nature. J'utilise l'informatique pour scruter une vaste quantité d'informations afin de révéler (j'espère) une fraction de l'information biologique encodée dans ce système. 

Bon, assez pour le moment! N'hésitez pas a me poser des question précises ou vagues sur ces thèmes sous forme de commentaire post-blogue via ce site même (trouvez le lien en bas du teste).

Deuxièmement, les publications! 

Afin de vous mettre à jour, mon 2e article en tant que premier auteur est toujours victime de procrastination de la part des éditeurs de BCM Genomics, et ce suite à 7 mois post-soumission. Évidemment, cette revue n'est pas de calibre sérieux et ne devrait être considérée pas des scientifiques d'un professionalisme intègre. De fait, mon 4e article écrit par mon ancienne collègue Michi et mon ancienne superviseure, a été soumis a une revue de calibre supérieur cette semaine. L'ironie réside dans le fait que l'article mentionné au début cite des résultats de ce-dernier comme "non-publiés"... il risque d'être en-ligne avant le moins récent !

Bon il est 21h22 et je suis toujours au labo... Je me sauve!

Australia Day, Surfing, and Celine's first visit

Happy Australia Day (a bit late) An english message will follow :)

Ca fait 2 jours que j'ai reconduit à l'aéroport de Brisbane. On a enfin passé une belle semaine ensembles, le tout commençant par ma pendaison de crémaillère avec PIINAAA-COLLAAAAAADAAS au rhum Bundaburg dans des verres en ananas. Ensuite, une petite journée tranquile à la plage le dimanche, ou j'ai tenté ma chance au surf sans trop de succès. Le temps était moche par contre, il a plu toute la semaine (ou presque) avec des 33˚ + 80% humidité. Lundi, nous nous sommes prommenés au jardin botanique suivi par le visionnement des feux d'artifices de la fête nationale sur un pont (voir photos Pi

casa). Après une journée de travail (Céline n'a toujours pas soumis sa thèse!!), nous sommes allé a la plage a Kawana waters, où j'ai laissé mes clefs dans la voiture. Il n'y avait pas un chat sur la plage, et il faisait plutot soleila lors ce fut agréable. Par contre, une marre de petites méduses bleues et de forts vents/courrants limitaient la baignade prolongée. En attendant l'équivalent du CAA, je me suis fait piqué par ce que je crois était une fourmis verte, une sale petite morsure qui brûle comme une paire de pinces brûlantes qui tordent la peau pendant une bonne heure. 

Prochaine rencontre: Sydney le 14-16 février. 120$ le billet d'avion aller-retour (taxes incluses)

Céline just graced me with her first visit to Brisbane, after moving into her new penthouse in downtown Sydney. We had a great week, marked by a housewarming party, my first surfing attempt, Australia day, and an eventful day at the Sunshine Coast. 

Caught our first swarm of Australian jellies (see picture above). We reckoned they weren't box jellies, so shouldn't be too dangerous. Turns out they were bluebottle jellies (a.k.a. portuguese man-o-war) and have quite the sting. These jellies have been known to close down beaches when as little as 10 are found on-shore. There were hundreds of these suckers due to strong shore-bound winds. Luckily we didn't get  stung, at least not by sea creatures.... got my first taste of aussie venom from what was probably a green ant. Burns like a &#?%%-(@?#!ø for about an hour and a half. The only time I had ever witnessed a sting as painful was in the amazon, from some giant black hornet. Oh yeah, did I mention I locked myself out of the car that day ?

Added more pictures to Picasa web (top right)

Les bibittes...

A mon grand-dam, j'ai récemment appris que la grande variété d'araignées vénémeuses australiennes sont plutôt inoffensives. Elles sont néanmois parmis les plus toxiques des arachnides (notamment les vilaines et dégoutantes "red back" et "funnel-web"), mais rarement une morsure sera mortelle. Il semblerait que les anti-venims sont plutôt fréquents dans les hôpitaux. 

Dans mon coin, on voit souvent d'énormes toiles dorées dans les fils électriques ou entre deux arbres. Elles font souvent plus d'un mêtre carré. Ce sont les Golden Orbs, vénémeuses mais plutot sereines. On se fait souvent surprendre dans les jardins ou les sous-bois par une grosse tache dans les airs; quand on fait le focus, on fait aussi le saut ! Elles peuvent facilement faire 10 cm de diamêtre (photo a l'appui!). Je ne sais pas s'il y a une saison de reproduction ou quoi, mais je viens juste de remarquer la présence d'un petit mâle derrière la femelle dans toutes les toiles. Notez qu'ils se positionnent bien derrière la femelle... je les comprends le pauvre, voué à servir de repas nuptial!

Il y aussi une abondance de reptiles, même en zones urbaines. Les petit geckos beiges sont les plus visibles. Une petite tache zigonne à toute allure quand on les dérange entrain de chasser des mouches sur les murs la nuit. Il y a aussi beaucoup de scinques, quoi que plus difficiles à observer pourvu leur nature timide. Cette semaine j'ai fait la découverte d'un mini gecko. J'ignore s'il s'agit d'une autre espèce que celle que l'on voit sur les murs dehors, ou s'il ne s'agit que d'un bébé. 

 À surveiller: mon album photo Picasa (le lien en haut à droite du blogue). Il sera mis à jour bientôt, avec plusieurs photos du coin. 

Back in Oz !

FINALY!!! Apres 5 jours d'attente en standby, je suis finalement de retour sur l'Île-continent! Au moins j'ai pu passer du temps avec ma soeur et son copain a Toronto. 

En somme, j'ai passé 1 jour a Montréal en attendant un vol Montréal-Vancouver. Le lendemain, f**k off, je prends un vol Montreal-Toronto car il y en a plus de là-bas. En arrivant, la première chose que je remarque c'est le l'ANNULATION du vol de 10h30 pour Vancouver...

Ça veut donc dire que tous les passagers de ce vol doivent être transférés sur les autres vols disponibles, les pauvres clients n'ayant pas de place le jour même sont mis sur stand-by par politesse corporative. Après 4 vols, j'étais toujours 62e sur la liste standby. 

DRING... DRING...

-"Pascale!" criais-je en sachant que ma si belle et gentille soeur m'acceuillerait dans son appartement au centre-ville de Toronto. 

J'ai passé un beau 2 jours chez elle et Joel, son copain, à écouter le télé sattellite (Math ils ont plus de postes que toi). Je me suis prommené dans la gadoue torontoise sur College et puis Young street, en émerveillement et désarroi simultanés. 

J'ai été chanceux par la suite, car j'ai eu le dernier siège de l'Airbus jeudi matin pour Vancouver, sachant que le vol Vancouver-Sydney était bien rempli (il y avait 40-quelques stand-bys la veille). Après avoir re-découvert le plus splendide aéroport canadien, j'ai eu la 3e dernière place sur l'avion, avec la 2e-dernière de libre à côté de moi :)

Après 18h45 dans ce Boeing 777-200 ayant une distribution de places biaisée de grippeux toussants et de nouveau-nés  en ma proximité, je suis finalement ici, dans le lounge Virgin à Sydney, entrain de boire un double espresso à l'air climatisé en observant les jumbo-jets décoller sur un fond de ciel bleu parsemé de cumulo-nimbus. Ah oui, ai-je mentionné qu'une de mes valises est restée à Vancouver (mon sac-a-dos du coup). Ça c'est adonné être un coup de chance, car en plus des frais superflus de 83$ que j'ai du payer pour changer mon horaire 2 fois avec Virgin Blue, un 128$ s'impose pour excédent de poids (2 valises totalisantes 39 Kilos). La morale de cette histoire, fuck Air Canada et Virgin Blue. Voyagez avec WestJet et Qantas.

Je ressens déjà le début du léger inconfort cupabilisant issu de ma chance d'habiter ce merveilleux continent austral. Suite aux MayWests, au sirop d'érable, aux Clamatos, aux Gurus et aux accessoires du Canadiens que j'ai avec moi (d'ailleurs, après la douane, j'ai des collants du Canadiens de Montréal dans ma valise et je n'ai aucune idée d'où ils proviennent!), j'attends le réconfort absolu de l'arrivée prompte de ma douce Céline au pays la semaine prochaine. 

 v v v     n'oubliez-pas ce documentaire fabuleux     v v v