Dust Storm !

GPU and parallel computing

[Désolé pour mes lecteurs francophones; vous pouvez toujours traduire ce texte par l'intermédiaire de google translate, disponible en cliquant ici ]

If you have a recent (or very expensive) computer, odds are you have a wicked graphics card. Nowadays, graphics cards are used to play state of the art computer games which require massive computational resources for processing complex 3D images, landscapes, and interractions in real time. The Graphics Processing Unit (GPU) in these new video cards are amazing hardware. In fact, recent high-end (and not so high-end) cards have streaming processors, which basically means the small processors run in parallel to execute commands. This contrasts to CPUs (Central Processing Units), which are the heart and brain of personal computers. The latter have been getting faster and faster over the years, but execute only one command at a time (except for dual-, quand-, and octo-CPUs). 

Well, as one of my previous posts mentions, some scientists are harnessing the power of these graphics cards, and not just to play the latest Call of Duty or Half-Life derivatives... Turns out the Streaming processors of these cards are excellent for parallel algorithms. For instance, some analyses run exponentially faster when built in parallel (thus many operations at one). This demands a certain independence of the calculations, but is equivalent to the (mostly) government owned super-computers (to some extent). Have a look at some of the biological sciences applications for graphics cards on NVIDIAs CUDA platform. The CUDA is a C++ extension that allows you to run certain processes on your fancy overclocked GeForce 9800! This makes high-end computational analyses available to the average user on their personal computer! AWESOME !

Mise a jour !

Apres des vacances pas tres reposantes au Canada, je suis de retour en Australie. Par contre, je repars dans pas trop long, cette fois pour le vieux continent. Etant donné la popularité de mon superviseur, un collegue allemand a accepté de co-superviser mon doctorat. Il s'agit de Peter Stadler, un chef de file en genomique informatique. Je serai donc a Leipzig en Allemagne pour deux mois, soit du 19 Octobre au 17 Décembre. J'aurai aussi la chance de participer a leur retraite de groupe, qui attire plusieurs autres scientifiques du domaine. On sera plus de 45 a passer 5 jours en republique Tcheque lors de la premiere semaine suite a mon arrivée.

Evidemment, je compte aussi visiter Prague et Berlin, au minimum!

D'ici la, c'est le gros rush. Non seulement j'aimerais présenter des résultats en Allemagne, mais j'ai égalment ma confirmation de candidature au doctorat a présenter dans un futur incertainement proche.