Thursday, June 25, 2009

Amazing optical illusion

Rien d'extraordinaire, non ? 
Et si je vous disais que les spirales vertes et bleues sont en réalité de la meme couleur? 
hmmm....
Vous ne me croyez pas? 
Je vous défie de les analyser avec Photoshop ou un logiciel du genre. 
Regardez plus pres. Les spirales oranges et magenta ne sont pas continues! Voila le probleme! Notre cerveau coupe les coins ronds et nos yeux nous jouent des tours! Approchez votre visage a 5 cm de l'ecran, le vert et le bleu sont moins faciles a discriminer!
Magie !

Wednesday, June 24, 2009

50e post...

Pour ce 50e post de blogue, je vous propose quelque chose d'un peu plus philosophique. En fait. c'est par pur adon que ce soit le 50e, mais bon, ca merite au moins un petit mot de felicitations!
Il m'est arrivé ce soir, non pas pour la premiere fois, de tomber sur la page Facebook d'un ami décédé le 24 Février 2008. 

Malgré les etres humains, les pages Facebook ne s'effacent pas. 

Pour ceux qui ont souffert la perte d'une connaissance, ami, ou membre de leur famille et qui étaient sur Facebook, vous connaissez surement cette situation. Pour ceux qui n'ont pas eu cette malchance, immaginez-vous une photo "Polaroid" de la vie d'une personne prise quelques semaines ou quelques jours avant leur depart de ce monde physique. Un polaroid avec tout plein de commentaires dans le petit espace blanc en dessous. Des commentaires au présent, malgré-eux. C'est plutot morbide, tres émouvant et sans-doute dérangeant pour de jeunes etres emotifs comme moi qui ne comprenons (ou n'acceptons) pas tout a fait la mort. 
C'est par contre pas mal plus accessible qu'une pierre tombale pour se souvenir d'eux. C'est aussi un medium commun pour faire un deuil et sympatiser avec les autres. 
Est-ce que les comptes seront effacés apres un certain temps? 
Est-ce qu'on se souviendra autant de ces personnes et de leur impact sur nos vies dans le cas echéant? 
Est-ce de "l'acharnement émotif"? 
Ces personnes peuvent-elles changer le monde via les commentaires des gens sur leur page Facebook apres leur mort? 
Malgré l'absence de reponses, pourrait-on considérer Facebook comme un outil pour s'immortaliser?
Je vous invite a laisser vos commentaires (il faut peut-etre s'inscrire a Blogspot - ca ne prend qu'un compte Google et c'est tres rapide).

Sunday, June 21, 2009

Mt Barney et Kangourous

All is good down under.
Je suis présentement a l'aeroport de Sydney, apres une fin de semaine tranquille avec Celine. La fin de semaine precedente, nous sommes allé a Mt. Barney, le 7e plus haut sommet du Queensland (3,800 pieds). C'etait l'une des randonnées les plus intences de ma vie! Ils recommandent 7h pour faire le somment, tout en indicant que c'est un sentier de niveau 5 (le maximum) et donc: excellente forme physique, excellent sens de l'orientation, pour randonneurs expérimentés, etc. 
On l'a monté et descendu en 6h30, et ca vallait le coup! Quelques photos (gracieuseté de Johannes) sont sur picassa. En revenant le soir, 7-8 kangourous/wallabies et un possum m'ont donné la frousse! ils dorment dans la vallée la nuit, sur le bord des sentiers dans des plaines pour les vaches. Quand ils entendent un bruit (le son de mes bottes ou de mon baton de marche) ils se levent en sursaut et bondissent quelques coups dans une direction opposée. J'ai tout de meme reussi a en voir un avec la lampe frontale! 
Ici le kangourou est une alternative saine au boeuf. C'est une viande tre faible en gras, au bon gout de gibier, richer en fer et en proteines. De plus, c'est écolo malgré qu'ils sont tous chassés dans la nature. En effet, ils ne nécessitent pas beaucoup d'eau, ils ne piétinent pas les champs et n'endommagent pas le feuillage, et n'ont pas une flore intestinale qui rejette des tonnes de methane dans l'atmosphere. Dommage que tres peu d'australiens en mangent!! C'est vraiment délicieux, surtour quand c'est mariné avec romarin, ail, et autres fines herbes et cuit a feu moyen sur un feu de bois. Excellent avec un shiraz australien: en fait, il n'y a pas de meilleur combianison!!

Sunday, June 7, 2009

Un parasite de parasite

Mon dernier article est finalement accessible en version finale. 
Cliquez ici pour la version en pdf, ou bien ici pour la version furetable.
Comme je l'ai peut-etre deja mentionné, il s'agit d'une etude qui analyse la nature et l'emplacement de sequences d'ADN dans le genome d'un parasite tropical. Les sequences en question sont de nature virale et mobile; c'est a dire que ce sont des sequences d'ADN qui peuvent se copier et s'insérer ailleurs dans le genome. Le VIH opere de maniere similaire; son materiel genetiques (une fois une cellule est infectee) s'insere dans l'ADN de la cellule humaine. Par contre, pas besoin d'etre un virus complet! En fait, il existe des particules viroidales dans certaines cellules: ce sont des virus qui ne peuvent pas sortir de la cellule, mais dont une partie de la machinerie moleculaire fonctionne toujours. En realité, nous avons plusieurs regions dans nos seqences d'ADN d'humains qui sont ou étaient autrefois des virus (plutot retrovirus) actifs et qui maintenant ne le sont plus. 
Donc, ces sequences d'ADN ont autrefois causé des dommages aux parasites (ou tout autre organisme) qui les hebergaient. Ces insertions sont alleatoires et peuvent donc nuire a l'organisme. C'est un peu comme si on inserait des numeros alletoires dans votre carnet de telephone. Certains numeros ne marcheront plus. Par contre, il se peut que quelques numéros "mutés" fonctionnent (par exemple, le numéro de Fernand se transforme en numéro de plombier -- toujours pratique!).  Via la selection naturelle, certains parasites ne pourront survivre, tandis que d'autres le pourront (quand l'insertion affecte moins l'organisme). 
Maintenant, immaginez que quelques sequences d'ADN viral, comme toutes les sequence d'ADN en general, subissent une mutation alléatoire quelconque. Cette mutation pourra ou pas inactiver la sequence d'ADN virale. Si l'on y pense un peu, il y a plusieurs consequences potentielles suite a ces sequences d'ADN virales. 
  • Inactivation de genes importants par la sequence d'ADN virale 
  • Perte de la mobilité ou capacité d'insertion de l'ADN viral
  • Meilleure mobilité
  • l'ADN viral améliore la capacité de survie de l'organisme. 
Sur des millions d'années, la selection naturelle fera en sorte que les organismes ayant des insertions d'ADN viral bénéfiques seront plus abondantes. 
Dans notre article, on analyse des courtes (~500 bases) sequences d'ADN qui sont tres abondantes dans le genome de l'organimse. De plus, ces sequences sont apparentées a des sequences d'ADN virales connues. On demontre donc que les sequences sont similaires, et qu'en fait il existe 2 grosses familles apparentées de ce type d'insertions virales. 
Par la bioinformatique, je démontre qu'elles sont tres vielles de par la presence de beaucoup de mutations, mais qu'elles semblent préserver quelques caractéristiques. On déduit que leurs similitudes sont en fait des mutations qui ont aidé le parasite a survivre (ceci a deja ete demontré en laboratoire). 
De plus, étant donné que ces séquences d'ADN sont nombreuses (pres de 2000 copies) dans le genome de parasite (30 millions de bases d'ADN), on demontre que les insertions ont été assimilées par le parasite, qui se sert d'une partie d'entre eux pour gérer ses mechanismes biologiques de survie. Aussi, parmi les trois especes de Leishmania (le parasite) dont le genome est entierement sequencé, on a décelé des différences dans 50% des insertions d'ADN parmi les 3 especes. Ca laisse donc croire que ces insertions ont été bénéfiques a l'evolution et a la spéciation de ces 3 especes de parasites!
Bon, ca fait beaucoup a digérer, je vous conseille de regarder les figures dans l'article!! 
Désolé pour le manque d'accents.