Mon dernier article est finalement accessible en version finale.
Comme je l'ai peut-etre deja mentionné, il s'agit d'une etude qui analyse la nature et l'emplacement de sequences d'ADN dans le genome d'un parasite tropical. Les sequences en question sont de nature virale et mobile; c'est a dire que ce sont des sequences d'ADN qui peuvent se copier et s'insérer ailleurs dans le genome. Le VIH opere de maniere similaire; son materiel genetiques (une fois une cellule est infectee) s'insere dans l'ADN de la cellule humaine. Par contre, pas besoin d'etre un virus complet! En fait, il existe des particules viroidales dans certaines cellules: ce sont des virus qui ne peuvent pas sortir de la cellule, mais dont une partie de la machinerie moleculaire fonctionne toujours. En realité, nous avons plusieurs regions dans nos seqences d'ADN d'humains qui sont ou étaient autrefois des virus (plutot retrovirus) actifs et qui maintenant ne le sont plus.
Donc, ces sequences d'ADN ont autrefois causé des dommages aux parasites (ou tout autre organisme) qui les hebergaient. Ces insertions sont alleatoires et peuvent donc nuire a l'organisme. C'est un peu comme si on inserait des numeros alletoires dans votre carnet de telephone. Certains numeros ne marcheront plus. Par contre, il se peut que quelques numéros "mutés" fonctionnent (par exemple, le numéro de Fernand se transforme en numéro de plombier -- toujours pratique!). Via la selection naturelle, certains parasites ne pourront survivre, tandis que d'autres le pourront (quand l'insertion affecte moins l'organisme).
Maintenant, immaginez que quelques sequences d'ADN viral, comme toutes les sequence d'ADN en general, subissent une mutation alléatoire quelconque. Cette mutation pourra ou pas inactiver la sequence d'ADN virale. Si l'on y pense un peu, il y a plusieurs consequences potentielles suite a ces sequences d'ADN virales.
- Inactivation de genes importants par la sequence d'ADN virale
- Perte de la mobilité ou capacité d'insertion de l'ADN viral
- Meilleure mobilité
- l'ADN viral améliore la capacité de survie de l'organisme.
Sur des millions d'années, la selection naturelle fera en sorte que les organismes ayant des insertions d'ADN viral bénéfiques seront plus abondantes.
Dans notre article, on analyse des courtes (~500 bases) sequences d'ADN qui sont tres abondantes dans le genome de l'organimse. De plus, ces sequences sont apparentées a des sequences d'ADN virales connues. On demontre donc que les sequences sont similaires, et qu'en fait il existe 2 grosses familles apparentées de ce type d'insertions virales.
Par la bioinformatique, je démontre qu'elles sont tres vielles de par la presence de beaucoup de mutations, mais qu'elles semblent préserver quelques caractéristiques. On déduit que leurs similitudes sont en fait des mutations qui ont aidé le parasite a survivre (ceci a deja ete demontré en laboratoire).
De plus, étant donné que ces séquences d'ADN sont nombreuses (pres de 2000 copies) dans le genome de parasite (30 millions de bases d'ADN), on demontre que les insertions ont été assimilées par le parasite, qui se sert d'une partie d'entre eux pour gérer ses mechanismes biologiques de survie. Aussi, parmi les trois especes de Leishmania (le parasite) dont le genome est entierement sequencé, on a décelé des différences dans 50% des insertions d'ADN parmi les 3 especes. Ca laisse donc croire que ces insertions ont été bénéfiques a l'evolution et a la spéciation de ces 3 especes de parasites!
Bon, ca fait beaucoup a digérer, je vous conseille de regarder les figures dans l'article!!
Désolé pour le manque d'accents.